Kenshin Himura (Sato Takeru) kembali lagi melawan kejahatan murni Makoto Shishio (Fujiwara Tatsuya), yang mencoba untuk menggulingkan pemerintahan Meiji. Nasib negara tergantung pada keseimbangan, sebagai Kenshin Himura mengambil pedang yang sebelumnya dia bersumpah untuk tidak pernah menggunakannya lagi.